运输在整个物流中占有很重要的地位，总成本占物流总成本的百分之35-百分之50左右，占商品价格的4％-10％。运输对物流总成本的节约具有举足轻重的作用。会计学上将物流成本分为显性成本和隐性成本。在我国现行的物流运输方式中无论是自营物流，合营物流还是第三方物流，隐性成本占据了很重要的地位，这些隐性成本在物流运输过程中主要包括以下几个方面：返程或起程空驶：空车无货载行驶，是不合理运输的最严重形式。在实际运输组织中，必须调运空车。但是，因调运不当货源计划不周，形成的空驶，是不合理运输的表现。造成空驶的不合理运输主要有以下几种原因：依靠自备车送货提货，单程空驶的不合理运输。由于工作失误或计划不周，造成货源不实，由于车辆过分专用，无法搭运回程货物。对流运输：在同一线路上或平行线路上作相对方向的运送，而与对方运程的部分发生重叠交错的运输称对流运输。
迂回运输：舍近取远的一种运输。不选取短距离进行运输，却选择路程较长路线进行运输的一种不合理形式。
重复运输：直接将货物运到目的地，在未达目的地之处，或目的地之外的其它场所将货卸下，再重复装运送达目的地，这是重复运输。另一种形式是，同品种货物在同一地点一面运进，同时又向外运出。过远运输：是指调运物资舍近求远，近处有资源不调而从远处调，这就造成可采取近程运输而未采取，拉长了货物运距的浪费现象。
运力选择不当：在于火车及大型船舶起运及到达目的地的准备、装卸时间长，且机动灵活性不足，在过近距离中利用，发挥不了运速快的优势，延长运输时间。
提高运输决策的科学性
在物流运输决策中主要体现在这几个方面：运输方式的选择，运输服务商的选择，运输路线的选择，运输计划编制及运输能力配备等问题。
最短路径的运输路线
在路线的选择中，运用最短路算法，大多根据距离来进行，但运输路线最短并不是最优的选择，要考虑两地交通便利条件，路面状况，两地距离和运送成本。在算法中引进这样的运算机制：将路径的权数变成一种综合评定指标：距离，现有的交通条件，交通工具，进行综合评估选择合适的路径。在实际的运输过程中我们可能会遇到下面的一些情况，选择交通工具的时候虽然有着距离上的差距，选择路径，要与交通运输工具结合起来，以及运送的速度和成本的关系。因此，选择期望的运输方式时，至关重要的问题就是如何平衡运输服务的速度和成本，计算总的成本，按照成本最低的原则选择合适的路线和运输方式。开展中短距离铁路、水路与公路分流，从而加大这一区段的运输通过能力；充分利用公路从门到门和在中途运输中速度快且灵活机动的优势，实现铁路运输服务难以达到的水平；尽量发展直达运输。直达的优势，尤其是在一次运输批量和用户一次需求量达到了一整车时表现最为突出。通过运输问题改进运输调运。
对于运输中虽然空车程运输的事实很难改变，但对于这个的成本可以减少，需要对运输公司来说可以通过完善计划来减少这种资源的浪费，对于不同地方的不同运输可以采用运输问题来求解。减少运输中空车和无货运输的现象通过运输问题来解决，将出现空车的地点和需要的地点重新规划使他们的空程运输成本最小。按照成本最小和和减少隐性成本为目的，运用运筹学的方法来做决策。当然在实际的运用过程中还要考虑运输产品的特性，包装装卸以及运送消耗的时间来考虑，这种方法也可以用来确定运输所需要的总资源，比如，如果知道运输公司的固定的运输路线和运输班次，就可以知道每天需要多少运输工具，按照同样的办法来解决，这个方法对于运输公司某个时期，某个项目，或者是固定运输路线很实用。为了更好的解决空车运输的问题，可以将运输工具改进使它具有更大的柔性，通常情况下，比如在去往A地的车辆中可能会运送不同的物品，需要将车改进，进行集中调运的办法，这需要做好市场需求预测与调配工作，同时要与运输供应商保持良好的关系。
发展社会化的运输体系
运输社会化的含义是发展运输的大生产优势，实际专业分工。物流形成良好的第三方物流，形成一种物流产业，不仅提高整个供应链的效应而且还能够促进物流产业本身的完善和发展。构建物流集团，增强国际抗争能力。组建运输物流集团公司，形成辐射全国铁路、水运、公路联运网络，在速度、成本、管理上占据竞争优势。建成全国商品物流配送中心，形成全国连锁网点提供物流配送，同时还尝试开展社会化物流配送服务降低成本，提高竞争能力。组建区域性仓储集团公司，在主要港口码头和交通枢纽建立大型仓储，适应日益扩大的物流量，为企业提供仓储服务。建立物流信息网络，为用户提供配送、运输、加工、仓储、配送和技术咨询为一体的新型物流信息。形成我国物流业竞争优势，增强国际抗争能力，壮大和发展我国物流业。物流运输中的成本问题是我国商品成本中一项重要的指标，解决各项成本必须找出物流中的问题。科学的方法和手段，先进的信息技术是物流社会化的条件，因此科学技术和方法是解决物流问题的关键。
