备案办法出台后，海关总署对原有的报关管理规定也进行了相应调整。3月9日，海关总署署务会原则通过了《中华人民共和国海关对报关单位注册登记管理规定》。据海关总署调查局企业管理处处长乔进明介绍，该规定与以往最大的不同，在于总署不再直接办理审批，将审批权下放到各直属海关，总署主要负责对各关的监督检查。
根据新规定，新报关企业只需经过工商登记，领取了商务部门的备案登记表，即可办理海关报关注册登记许可，取得报关权。新规定还取消了以往一年一次的企业年审，改为对报关企业实行两年许可延续。报关企业及其跨关区分支机构注册登记许可期限均为两年，被许可人需要延续许可有效期的，应当办理许可延续手续。乔进明说，取消年审并不意味着海关放弃了对报关企业的监管责任，对报关企业实行两年许可延续的审查，同样可以完成对企业变更信息的采集，是更为有效的管理形式。
报关企业及其分支机构名称、企业注册资本、法人代表等发生变化，需要改变海关行政许可有关内容的，应当到注册地海关申请变更注册登记许可。
已注册成立的货代企业的许可问题，将给予两年的过渡期，在两年后的许可延续时解决。但"具体的执行问题正在研究当中，到时将下发通知，并要求各直属海关对外公告。" 乔进明说。
