2004年7月，国际货运代理资格审批制取消后，由于缺乏相应的配套管理措施，给行业的管理带来了很大的困难。
取消审批后相关管理制度的出台迫在眉睫。
按照国务院的要求，商务部肩负着切实加强对货代企业后期管理的责任。因此，商务部条法司当即就取消审批后原外经贸部1995年发布的《中华人民共和国国际货物运输代理业管理规定》（以下简称《规定》）的效力问题，与国务院法制办进行了沟通。国务院法制办明确表示："审批取消并不意味着管理规定失效了，商务部应该行使管理监督的职能。1995年的《规定》仍然有效。"
2004年8月，商务部内部达成一致：对货代企业进行备案。并指出，备案是作为加强货代行业后期管理的一种必要手段，各地商务主管部门要依托企业基本信息和经营数据实现企业的信用监管，实现政府职能的转变。
随后，商务部派专人赴天津、宁波、上海等地调研，多次征求当地企业和协会的意见，并与海关、税务、工商等部门协调，在今年2月初达成统一意见。遂于3月7日正式下发了《国际货运代理企业备案（暂行）办法》。
