两岸经贸论坛2006年4月14日上午在北京举行。中国国民党荣誉主席连战在上午举行的论坛开幕式上发表《和平繁荣，两岸期盼》的演讲，连战在演讲中，对祖国大陆的改革开放给予了高度肯定。
在开幕式结束后，论坛开始进入专题报告、议题研讨阶段。15日下午闭幕时将宣读本届论坛达成的“共同建议”。
据了解，14日论坛开幕式结束后，即进行一个小时的专题报告，由中台办副主任李炳才主持，大陆经济学家吴敬琏与台湾经济学家孙震进行专题报告。
14日至15日两岸专家学者将就五大议题进行研讨。
14日下午的研讨有两大议题：一，全球化浪潮下，两岸经贸交流对双方经济发展的影响(14时至15时50分)；二，两岸农业交流与合作(16时至17时50分)。
15日的议题研讨从早上8时开始，共有三大议题：一，两岸直航对产业发展策略、企业全球布局的影响(8时至10时10分)；二，两岸观光交流对双方经济发展的影响(10时20分至11时10分)；三，两岸金融交流与两岸经贸发展(11时15分至12时50分)。
15日下午，两岸经贸论坛将进行小结，届时由中国国民党国政研究基金会的资深顾问徐立德和中台办副主任李炳才共同主持，中国国民党国政研究基金会副董事长林丰正及中台办主任陈云林将分别讲话。最后宣读本届论坛达成的“共同建议”。
