在中国上网人数已经超过1亿、电子商务以每年100%的速度增长、从事电子商务的企业达300多万家、电子商务交易额突破6000亿元的时候，网上交易中税收法律和制度的缺失问题越来越明显地暴露出来。
如果这个店主开的是“有形店铺”，除了有每月商铺的租金，还会有大量的税费支出，如营业税、教育附加税、城市维护建设税、水利建设基金税，等等。此外，还有与各种机构打交道的“隐形”成本。
比较起来，网上开店省事、省钱，交易手续简单很多：申请一个卖家账户、进货、拍照、上传商品信息、缴纳商品登录费、查看买家的留言或邮件、用邮件或电话确认交易、收款、发货、缴纳交易服务费。在这个完整的交易过程中，没有税收的角色。
而北京市地税局的有关工作人员在此前接受媒体采访时表示，按照中国税法规定，不管通过何种形式，只要是发生交易行为就得缴税。
如果是生产经营型企业，即使是在网上交易，也应缴纳17%的增值税。如果是个人开的只是简单买进卖出的店，则要缴纳4%的增值税。
此前，商务部发布了《商务部关于网上交易的指导意见》的征求意见稿，也提出了个人开网店需在工商注册，并需要缴纳4%增值税。
事实上，国内还没有专门针对网上交易的税法，这也是这部分税收一直缺失的原因。如果在网站申请的交易账号是公司账号，税务部门可以通过公司的账目情况查到税源。如果是个人账号，尤其是个人对个人的交易(即C2C)，税务机关根本不可能有精力查账。
如果从支付角度来控制，税务机关仍然不可避免地被绕过。以规定必须使用“支付宝”的淘宝网为例，如果每一笔交易，都是通过“支付宝”来完成，税务机关会很容易得到交易数额并征税。但事实上，很多用户都是在网上联络，私下交易，成功避开了“支付宝”的监督。
解决网上交易的税收问题，首先要解决电子商务征税的法律问题。事实上，有关法律几年前就有要出台的传闻，但至今仍悬而未决；其次，针对电子商务的特点，可以在征税政策方面有所创新，如对个人店铺征固定的税额，简化报税手续实行电子报税等。
此外，电子发票、电子税单、电子签名等电子认证方式也应与电子商务同步发展。税务机关应该研制出适合互联网企业使用的税务征管软件，审计部门应开展专门的电子审计工作。因为电子商务打破了传统的空间概念，这些部门还需要认真研究属地原则，加强与其他国家的合作。
