尽管香港机场管理方面已一再向市民和立法会表明其第三跑道和深圳之间不会有空域问题，但实际情况是，激烈的空域矛盾已横亘在两个毗邻城市上空。
深圳机场和香港机场都在建第三跑道，因为两者距离过近，“香港第三跑道会大幅影响深圳，如果按照香港的方案，我们半个机场都不要飞了。”深圳机场(000089)航空业务部总经理陈进泉表示。
不过证券时报·e公司记者致电香港特区民航处，得到其回复称，关于珠三角空域多方早已建立协调机制。对存在矛盾的提问，香港民航处没有回应。
深圳方面的回复并不如此，深圳交委港航局对证券时报·e公司的回复时认为:香港民航处设计的FAB方案(功能性空域区块)可能会压缩南珠三角地区深圳、澳门、珠海机场可用空域，对深圳、澳门、珠海机场现有航路航线有影响，制约各机场未来发展。
第三跑道
香港第三跑道项目从去年8月开工，目前建设还处于首阶段的填海造陆中，工地上还是一片大海，正在打桩，计划需时约8年。计划耗资约1415亿元，其中填海成本为562亿元，为香港有史以来最贵的工程。
现在的香港机场启用于1998年，是全球最繁忙的货运机场和全球第三大国际客运机场。2015年10月达到运力极限。香港机管局2010年发表《香港国际机场2030规划大纲》，其中包括三跑道发展方案。该方案2015年3月17日获行政会议通过。
香港机管局兴建第三条跑道，和前两条跑道一样，都要靠填海，是在现有机场以北开拓约650公顷的土地，跑道长3.8公里。
深圳现在使用的机场和香港机场一样有两个跑道，在老机场南侧兴建。2017年前达到2020年规划预测的4500万人次，今年达到设计容量。
深圳机场在快速扩容，老机场1991年10月12日使用通航，2011年早在第二跑道建成之际，就已经有计划要建第三跑道，2014年深圳机场T4航站楼及第三跑道完成总体规划，今年年初时任市长许勤在作政府工作报告时，提出将规划建设深圳机场第三跑道。
深圳第三跑道环评今年4月获得通过，工程总投资112亿。今年3月份，中交天健与中国交建、中交四航院组成的联合体，以43.2亿元拿下深圳机场三跑道的先导工程。
据了解，目前深圳机场第三跑道手续还没弄完，要到明年才能实际施工。整个工程预计3年时间完成，二跑道和三跑道规划有通路连结。
尽管开工晚，但是由于工期短，只需要三年，预计比香港方面完工要早很多。
空域
开建跑道容易，问题是让飞机能飞起来，需要一定空域支撑。
据了解，香港正在研究制定珠三角空域中期规划设计方案，这一方案让深圳方面如坐针毡。
深圳交委在接受证券时报·e公司记者采访时表示，目前香港民航处正在研究制定珠三角空域中期规划设计方案，该方案建议在香港情报区边界西侧(广州情报区内)设置功能性空域区块(FAB)，以满足未来香港机场三跑道独立进近运行，并拟调整深圳、珠海、澳门机场的进离场飞行程序。进近是指飞机下降时对准跑道飞行的过程。
对此，深圳交委于2月17日召集民航局深圳空管站、深圳机场集团、深圳机场、航空公司等开会研究探讨，认为香港民航处设计的FAB方案可能会压缩南珠三角地区深圳、澳门、珠海机场可用空域，增加航空器调配难度，对深圳、澳门、珠海机场现有航路航线有一定影响，制约了各机场未来发展。
就此问题，香港民航处公共关系组表示，2016年5月，民航局空管局、香港民航处及澳门民航局签署《强化内地与港澳民航空管珠江三角洲地区空中交通管理规划与实施三方合作交流机制协议》，订立三方工作组各层面定期会面机制，就珠三角地区空域资源管理使用，内地、香港和澳门透过协调机制促进三方协同合作，推展各项空域优化方案，并以循序渐进的方式，逐步落实《珠江三角洲地区空中交通管理规划与实施方案》最终目标，实现珠三角地区机场共同健康有序发展，同时令香港国际机场三跑道发挥最大效用，以期长远达至每小时处理102班航班的目标。
澳门方面的口径和香港大致类似。澳门特区民航局公共关系处林宝金回应证券时报·e公司，内地与港澳民航当局2004年就开始就珠三角空域的规划实施举行会议，并且成立了工作组，定期会面讨论如何加强珠三角空中交通的有效管理，无论珠三角的机场如何发展，大家都是按照共赢的方向规划未来发展。
深圳机场航空业务部总经理陈进泉表示，这个方案对深圳的影响，简而言之就是在内地空域辟出专门的空域提供香港机场新跑道使用，珠海、澳门，深圳进离场做相应调整。
在香港划设功能性空域区块(FAB)问题上，深圳交委的表态是，香港应加强与内陆各民航有关部门的沟通，统筹考虑，兼顾各方需求，尤其要考虑深圳机场三跑道未来的空域需求和其他机场未来的发展问题，最终实现多方共赢，促进珠三角地区各机场共同发展。
深圳交委表示，目前深圳第三跑道建设正按计划有序推进，深圳交委向民航部门呼吁秉承加强区域合作共同发展的理念认真探讨研究香港、深圳及其他机场空域协作发展问题。
今年3月23日在昆明举行的两岸暨港澳民航交流座谈活动，两岸及港澳航空公司和机场等80余名代表，在这次会议上，香港和深圳机场管理部门有一些具体业务接触，中国民航局空域管理中心有一套模拟仿真系统，与会者把香港三跑道数据输入程序运行了一下，显示空域有不少冲突之处，有人就对香港民航处助理处长李国柱表示，香港机场第三跑道建在这里的确不合适。
据与会人士介绍，李国柱当时表示，第三跑道经过多方评估，从经济从物流等各方面评估都是最优的，现在不能提出这样的问题，相当于把它彻底否决了，相当于整个决策错误。
内地民航局方面则提出共赢方案，让香港方面开放更多空域给内地使用。不过香港方面表示其空域已经非常繁忙，没有达成共识。
局促
珠三角机场群包括广州白云、深圳宝安、香港、澳门、珠海金湾、惠州平潭、深圳南头、珠海九州、中山三角等多个民用机场，机场密度远高于每10万平方公里2.3座机场的全国平均水平，由于机场密布，被称为世界上最为复杂的空域。
香港机场和深圳机场直线距离只有37公里，香港机场往西34.5公里，是珠海机场，往西南39公里，是澳门机场。
香港机场与深圳机场过近。直线距离近是一方面，由于香港和深圳使用不同的空域管制系统，还存在“空墙”之困，深圳机场南侧距离香港管制区边界仅20公里，空域狭窄导致深圳机场双跑道无法实施由南向北的相关进近及独立进近。
两者又使用不同的度量衡和气压基准面，这在飞行调控和空域灵活使用上造成极大的困难。
深圳方面早就计算过，香港第三跑道要想达到目标，会对己方空域形成影响。
2015年4月， 深圳机场召开珠三角地区空域规划计算机模拟仿真评估专家评审会议， 中国民航大学项教授汇报计算机模拟仿真评估，认为香港北三边划设方案对深圳地区乃至整个珠三角地区空域影响巨大，降低深圳机场的航班容量和运行效率，增加空中冲突以及管制员的工作负荷，严重干扰珠三角地区的航班正常运行，将直接影响到深圳机场的正常运行。香港计划在第三跑道北侧执行三边飞行，被业内称作“北三边”方案。
鉴于目前政策和体制难以解决深圳南侧空域和香港提出的北三边问题，深圳方面决定提升深圳机场容量潜力，引入GBAS技术，缓解深圳机场空域紧张的现状。
传统模式下飞机升降要走直线，基本上就要占用十几海里距离，引入卫星导航技术后，可以走曲线，就是把直线掰弯，可以节省大量空域。
“深圳借助技术提升，现有空域是可以满足第三跑道需求的。问题是香港方面要占用深圳的资源。 ”深圳交委港航处一位前负责人表示。他曾长期参与规划协调。
有香港媒体报道，若深圳不愿让出空域，未来机场“三跑道”系统每小时最多只能处理85至90架次升降，而非原本预计的102架次。
香港方面也试图从其他方面提升，比如采用独立混合(即单个跑道可独立起飞降落)模式起降，但要想独立混合起降，就要将大部分大屿山山顶削掉，香港方面认为这项工程很不现实。
香港机场现有的两条平行跑道，其空域条件并不好，进、离场路线位于南北两边高地之间，净空仅能满足，没有剩余空间，最初的总体规划(包括近期和远期)均未考虑第三条跑道。因而在跑道、航站楼、配套设施位置、构型和扩建灵活性等方面，都对第三条跑道建设准备不足。
香港要建第三跑道，提升起降能力，的确很有必要，问题是第三跑道的位置，建在了前两条跑道北边，要想运行得开，势必要腾挪其他机场的空域。
如本文开头深圳交委提到的，香港民航处正在研究制定珠三角空域中期规划设计方案，该方案建议在香港情报区边界西侧(广州情报区内)设置功能性空域区块(FAB)。
这就是香港第三跑道，也从珠海机场空域内运作，才能满足其需求。深圳、珠海、澳门机场的进离场都会受到影响。
协调
空域问题异常敏感，2015年之前，就有媒体多次报道深港空域冲突，香港民航处多次称港深航道冲突之说属无中生有。
香港方面称有解决方案，其实只是一个框架性的协调机制。如香港方面所言，三方工作组自2004年成立至今，在内地、香港和澳门召开了超40次不同层面会议，交流相当频繁。交流频繁不意味着矛盾就能解决，上述香港民航处试图向内地要空域解决矛盾的尝试，就遭到深圳方面激烈反弹。
其实，香港方面也希望民航局尽早出面，给出深港空域管制问题的明确答复，不过2016年4月份中国民航局曾发出一个文件，民航局的答复仅表示下一步将继续协调相关各方，着力从技术运行角度制定出既能满足未来发展需求，又能促进本地区各机场共同发展且各方均能接受的空域方案。
“隐瞒的目的是为了为第三跑道早日上马扫清障碍。”内地民航局有工作人员称，香港方面有意识的掩饰与内地特别是深圳机场的矛盾，是希望快速推进，造成既成事实之后，向各方施压。
香港第三跑道面临环保等诸多压力，经测算，如果晚建一年，总造价就会增加70亿港元。
香港民航处2016年4月呈请给香港立法会的一份文件上，香港民航处认为， 三方早有空域协调解决机制，《二零零七年方案》已顾及香港国际机场三跑道系统的运作需求，以及珠三角主要机场包括深圳第三跑道，广州机场最终五条跑道的需求。香港机场三跑道循序实施各方均同意的方案，是最终达到每小时102架次航机升降目标的基础。
《二零零七年方案》提到的解决方案之一是“空域代管”， 香港机场及深圳机场接近飞行情报区边界，可通过“空域代管”安排，指定空管单位在指定空域部分内处理穿越该空域的航班，可使有限的空域资源得到充分利用。香港民航处还举出两个案例，新加坡和马来西亚以及瑞士和德国都有成功先例。
不过这只是未来的一种设想，现在没有解决方案，深港都在埋头搞工程建设。
未来的难题反而会留给香港第三跑道，因为深圳可以早建成早运营，如果要在这个基础上改变就会增加困难程度。
