中国电子检验检疫主干系统简称E-CIQ系统，整合了全国检验检疫系统原来在用的18个业务系统，成功对接了39个业务系统；覆盖了检验检疫几乎所有的业务范围。换言之，进出口企业凡是发生检验检疫业务的，都有可能用到这个系统。2016年10月28日，国家质量监督检验检疫总局通关业务司(以下简称国家质检总局通关司)全面完成了中国电子检验检疫主干系统试点上线的工作。
国家质检总局通关司处长陈博在跨境电商检验检疫监管高峰论坛上指出，2016年4月20日主干系统上线以来，共受理报检通报超过390万批，涉及货值超过3900亿元，目前日均申报单量达到5万多批，系统运行平稳。主要表现在信息化水平得到质的提升，夯实了智慧质检、智慧口岸建设的基础；垂直管理体制得到加强，做到了全国检验检疫业务管理一盘棋；促进一体化格局全面形成。主干系统优化业务流程，实现了集中统一、互联互通，全面实现了35个直属局及868个分支机构一体化运作，共享与互认执法监管信息，逐步理顺内地与口岸的关系，实现了全国检验检疫的通报、通检、通放。
“主干系统还促进了检验检疫监管模式改革。”陈博指出，主干系统实现了检验检疫监管信息、进出口企业监管信息、产品检测信息等信息的集中管理，重塑了检验检疫监管模式和操作流程，加强事前、事中、事后监管，做到提前介入、全程追溯、快速验放，提升了质量安全保障和服务外贸发展能力。为贸易便利化提供了开放平台。主干系统为实现对外数据共享和促进部门合作提供了技术支撑，不仅对接了国际贸易单一窗口，为实现“三互”大通关建设奠定了基础，同时还实现了同检验检疫通关无纸化等系统的对接，更加方便了进出口企业，促进贸易便利化。
该系统规范统一了质检执法尺度，外贸企业认为，他们享受的外贸便利更多了，进出口贸易环境更好了。
陈博表示，其实对主干系统的应用目前还处于初级阶段，试运行过程中也出现不同声音，如何用好主干系统、真正发挥主干系统的优势，是今后一个时期面临的主要课题。
一是要加快优化改进，体现功能优势。主干系统设置超前，其功能优势目前还远远没有得到充分发挥。另外在一些方面也存在不足，风险管理、监督管理、注册备案等模块还需进一步优化。要深化主干系统的应用，发挥功能优势，优化规则体系，强化业务中枢管理功能，切实发挥好主干系统对检验检疫业务的规范管理和管控作用，深入研究业务一体化、业务规范及运行规则，制定有效的业务协同机制，实现业务一体化在全国35个直属局高效运用。整合特殊监管区、自贸试验区；对台贸易、小额贸易等业务功能，实现全业务一盘棋管理。持续推进业务规则体系建设，做好主干系统明年正式上线前的过渡期应急保障，确保系统安全有效运行。
二是发挥主体作用，提升使用效率。国家质检总局、直属局和分支机构都是主干系统的使用主体，总局确保主干系统好用，直属局和分支机构要确保用好主干系统。总局要更系统地研究业务规则和业务规范，做到业务规则的下发和业务规则的制定同步。各直属局要增强主动性，继续深化学习、培训、研究主干系统，提升系统的使用质量，严格做好对一线实现规范要求使用主干系统的监督。
三是着眼更高标准，推进“互联网+质检”。主干系统已经全面上线运行，在深化主干系统运行的同时，要按照“互联网+”的理念，谋划下一步质检信息化建设，以主干系统为核心，以无纸化、口岸卫生检疫、国际贸易单一窗口建设以及对外公共服务平台质量溯源体系建设等支撑，推进质检信息化建设，顺应时代发展，又符合检验检疫改革开放实际，充分体现集中统一、互联互通和质检大数据优势，把质检信息化建设推向新阶段新水平，更好地服务于质检事业和外贸事业的改革发展。
