目前，福建正处于“全国文明示范区、平潭综合试验区、海上丝绸之路核心区、自贸试验区和福州新区”五区合一战略机遇期，“五区”政策叠加优势将为福建发展注入强大动力。福建检验检疫局紧紧围绕福建自贸试验区战略定位，着力打好“对台牌”“海丝牌”和“产业牌”，走出了一条具有福建特色的检验检疫创新路子。
“对台牌”
在对台方面，福建局先后推出10多项对台贸易便利化措施。在平潭试点采信台湾认证结果和检验检测结果，已对进入平潭对台小额商品交易市场、属于强制性产品认证（CCC）目录台湾小家电产品采信台湾地区BSMI商品验证登录证书，对台湾白酒（塑化剂项目）采信台湾（TAF）认可的实验室检测结果。截至2016年4月，福建局累计采信进口小家电97批22536台、货值120.7万美元，采信白酒426批、货值739.7万美元。
福建局对台湾地区输大陆食品农产品试行“源头管理、口岸验放”工作模式。目前，有3家台湾企业通过考核，共对234.45吨、货值267.64万美元产品实施快验快放；对平潭小额贸易商品交易市场销售的台湾进口水果实施“边抽样检验、边上架销售”模式，水果通关时间由3个工作日缩短到1个工作日，实现了水果“上午采摘，下午上架销售”。截至2016年4月，共有39批、货值26.1万美元台湾水果享受该模式带来的便利。
福建局对原产于台湾的预包装食品、化妆品实施“快审快核”标签审核模式，现已对5080批次商品实施该模式，审核内容简化约9成，审核时限由原来约7天减少为1天。福建局开展两岸检验检疫证书电子信息互传互换互查，已实现台湾产品检验检疫证书通过两岸检验检疫数据交换中心即传即报。
“海丝牌”
福建局制定下发《服务“21世纪海上丝绸之路”建设检验检疫工作方案》任务分解表，从加强与“一带一路”沿线国家和地区的检验检疫部门合作、加强国外技术性贸易措施研究和应用、全力推动“三互”机制建设等23个方面服务“海上丝绸之路”建设。
福建局建立健全流程优化、管理科学、通关便利的“海上丝绸之路”检验检疫区域一体化机制和运行模式，加强与“海丝”沿线国家和地区检验检疫部门的合作，推进“海上丝绸之路”沿线国家及地区信息化建设，共同研究建设与沿线国家和地区电子证书数据等信息互换互核互认的常态化平台，推进检验检疫证书国际联网核查。
福建局支持地方政府申请设立检验检疫指定口岸，扶持进口指定口岸业务做大做强，为“海上丝绸之路”的货物流通和贸易往来提供基础支撑。提升与“海上丝绸之路”沿线国家和地区贸易便利化水平，支持“海上丝绸之路”沿线区域扩大对外贸易。该局通过实施“走出去”战略，加强对“海上丝绸之路”沿线国家政策法规、技术标准和贸易措施的收集和研究，为“走出去”企业提供信息技术、品牌打造、质量促进等服务，采取便利检验检疫措施。
福建局深化与东盟等沿线国家、地区产业合作，支持福州市建设“海上丝绸之路”战略枢纽城市，支持泉州市建设“海上丝绸之路”先行区。该局全力推进“中国-东盟海洋合作中心”及“中国-东盟海产品交易所”建设，实施“统一申报、集中查验、分批核放”检验检疫监管模式。特别是研究出台了支持中国-东盟海产品交易所发展专项措施，对中国-东盟水产品交易所进境水产品采取“统一申报、集中查验、分批核放”模式。截至2016年4月，福建局共检验检疫进口东盟水产品1362批、重3.89万吨、货值7240.8万美元，占福州口岸进口贸易水产品50%左右。
“产业牌”
福建局结合福建自贸试验区产业布局、重点项目建设和检验检疫改革发展，树立问题导向和需求导向，主动服务自贸试验区特色产业和重点项目，接地气、抓重点。
在风险分析的基础上，福建局出台非中规车“分线管理+验证整改+事后监管”检验监管模式，大幅提升汽车口岸通关效率，扶持福州保税港区整车进口口岸建设。截至2016年3月底，共监管放行529批次、44890辆汽车，其中对195批次、1967辆整车验证整改、检验合格后予以出证放行。现福州保税港区整车进口量在全国19个整车进口口岸中位列第六位，在新批15个整车进口口岸中位列第二位。
福建局创新跨境贸易电子商务高效便捷监管模式，根据国家政策变化、地方政府和企业的需求及时调整检验检疫相关措施。1月至4月，福建局共检验检疫进口跨境电商商品110批、15万件、货值4727万元，涉及奶粉、咖啡粉、纸尿裤、休闲食品、保健品等。
在福建自贸试验区挂牌一年多出台的223项重点试验任务中，涉及福建局37项。福建局在落实和对接重点试验任务过程中，持续出台创新举措36项，经第三方评估机构评估为全国首创的有12项，占福建省全国首创措施的五分之一，创新举措质量高，其中改革原产地签证管理和创新跨境电子商务高效便捷监管模式2项创新举措，通过国务院商务部联席会议确定拟在全国复制推广。在福建省政府发布三批50项可复制推广到全省创新举措中，福建局占11项，居全省前列。
