为贯彻落实国务院行政审批制度改革精神和质检总局的动员部署，深圳检验检疫局在不断优化服务手段，提升服务质量的基础上，深入推进行政审批制度改革。
一是清理行政审批项目。以“减字、放字当头”为原则，对全局现有全部9项行政许可和36项审批业务进行清理，共取消出口铅酸蓄电池质量许可证、 进出境快件运营单位核准 、出口自行车质量许可证 、出口商品质量许可证（机电类）申请和出口危险货物包装容器质量许可、代理报检企业注册和报检员注册等7项行政许可业务，下放6项行政审批业务。
二是优化行政审批流程。对7项行政审批业务的工作流程进行优化，有效压缩行政审批流程。包括调整代理报检单位备案登记和报检员备案2项业务办理流程，办理时限由20个工作日缩短至当场办结；取消食品流通单位的卫生许可现场审查环节，申办效率提高50%以上；取消年审制度，推行企业年度报告制度等。同时，对动植物产品检疫许可、CCC免办证明、报检员延期等3项行政审批业务扩大网上审批办理范围，有效减少企业业务办理时间和成本，如实行动植物产品检疫许可证无纸化审批和核销，减少了企业申请领证、打印证书、签证等5个业务办理环节。
三是全面强化改革保障。一方面，将审批时限纳入重点绩效考核范围，根据提升行政审批效率百分比和提速排名两个指标进行考核。 2014年上半年，深圳口岸进出口电池产品备案（进口）等3项业务提速超55%以上。另一方面，将行政审批的政务大厅业务管理系统与纪检监察系统对接，实时监督业务办理情况，并每月针对逾期未完成业务进行短信提醒。同时，采取企业座谈、政策宣讲、在线访谈、热线电话等多种途径开展改革后相关政策的宣贯，并在现场提供60种纸质办事指南和大屏滚动信息，不定期开展行政相对人满意度调查问卷调查，2014年已发放问卷满意率达100%。
