由于一体化运作、网络化经营的需要，物流企业普遍采用总部统一采购运输工具、分公司实际运营的方式，造成分公司可抵扣进项税额很少，而总部形成大量进项税留底的情况。又如，同一集团下属内部货代公司向运输公司采购大量运力，货代公司按照6%缴纳增值税，取得的运费增值税发票可按照11%抵扣，货代公司可能形成大量进项税留底；而运输公司税率由3%提高到11%，税负大幅增加。如允许集团化的物流企业合并缴纳增值税，将平衡集团内税收负担，支持物流企业向大型化、集团化发展。
三是增值税发票征管问题。物流企业与传统生产制造企业的业务模式和客户类型差异较大，有些物流企业 （如，货物运输代理服务、代理报关服务、仓储服务和装卸搬运服务等）开票金额小、频率高、数量大。如，中外运长航集团下属华东公司，每月开具发票约2.5万份，取得的发票则超过10万份。物流企业在发票的购买、开具、比对等方面工作量太大，不仅企业增加了人力成本，也给税务机关增值税发票征管工作带来很大不便。
四是现行的增值税会计核算方法不符合行业特点。多年来，物流业等现代服务业形成了自身会计核算方法。《上海市财政局关于本市营业税改征增值税试点有关差额征税会计处理的通知[试行]》 （沪财会[2012]8号）对试点纳税人会计核算作了规定，要求物流企业确认收入成本的同时确认增值税额。在实际业务中，物流企业收入成本确认方式，开具发票和取得发票的时点与原增值税一般纳税人企业不尽相同，该文件实务中难以操作。同时，大部分大型物流企业已经形成了差额纳税的财务处理流程，企业账务系统改造和会计核算调整需要一定的时间和资金投入。
二、相关政策建议
（一）将货物运输服务纳入物流辅助服务
我们建议，在不改变《试点方案》基本框架的前提下，将“货物运输服务”从“交通运输服务”中剥离，纳入“物流辅助服务”，采用6%的税率 （经测算，略高于营业税实际负担率）。这样，既符合“国九条”基本精神，统一了物流业务各环节税率，支持了物流业一体化运作，也能够解决试点中货物运输业务税负大幅增加的问题，与《试点方案》的初衷相一致。同时，建议在今后改革中，明确设立“物流综合服务”统一税目，与物流相关的各环节业务执行统一的税目和税率，以适应物流业一体化运作的需要。
（二）适当增加进项税抵扣项目
我们建议，适当增加增值税进项抵扣项目。对于占有物流企业较大成本比例的过路过桥费、保险费、房屋租金等纳入进项税抵扣范围。对于一些相对固定而实务中难以取得增值税专用发票的支出 （如燃油消耗、修理费等）按照行业平均水平测算应抵减比例，将这些项目的支出作为减计收入处理，计算销项税额。这样，不仅照顾到物流业全天候、全国范围运营，不易取得增值税发票的实际情况，也可大大减轻税收监管工作的难度。
（三）对存量资产 （非不动产）采取过渡性抵扣政策
建议对于近5年内购置的存量机器设备和运输工具，允许每年计提的折旧额中包含的进项税额核定为可抵扣进项税额；对于其他存量应抵扣物资，参照1994年增值税改革时对已有存货的进项税额抵扣的方法处理。
（四）统一快递业行业归属及适用税率
我们建议，明确快递业所提供的服务为物流辅助服务，统一适用6%的增值税税率；或者暂时不纳入改革试点范围，统一实行邮电通信业3%的营业税税率。
（五）允许试点物流企业集团及其分、子公司合并缴纳增值税
我们建议，首先允许上海市改征增值税的物流企业集团实行增值税合并纳税；一旦“营改增”全国推广，在全国范围内实行物流企业集团增值税合并纳税。
（六）设计使用物流业专用增值税发票
一是设计使用增值税专用定额发票。为适应物流企业经营网点多，发票额度小、用量大的特点，我们建议，设计增值税专用定额发票 （撕本），并允许作为增值税抵扣凭证。
二是设计使用物流业增值税专用发票。为适应物流企业经营特点和业务需要，我们建议设计物流业增值税专用发票 （机打），货物运输服务和物流辅助服务统一使用物流业增值税专用发票，以适应物流业“一票到底”的要求。
（七）明确试点物流企业会计核算办法
我们建议，充分考虑物流企业的经营和核算特点，允许物流企业收入成本确认与增值税确认时点分离。同时，税务机关根据此原则对物流企业增值税的申报缴纳进行审核。
（八）慎重对待试点扩围
上海市“营改增”试点实施两个月来，总体运行情况正常，但上述主要问题仍未能得到有效解决。国家大力支持的物流企业陷入“两难境地”：一方面上游客户原有的增值税纳税人要求出具11%的增值税发票，以扩大自身进项抵扣税额；一方面直接从事运输业务的实体企业税负升高又抵扣不足，本已微薄的企业利润进一步受到挤压。加之操作环节许多问题尚未明确，不断出台政策“打补丁”，也加大了税务机关的工作难度。与此同时，各地也强烈要求纳入试点范围。
为此，我们建议，有关部门在上海试点中应进一步发现和解决相关问题。在问题不能妥善解决的情况下，应慎重对待试点扩围。在问题没有充分暴露，没有找到相应解决办法的情况下，贸然扩大试点范围，将会产生较大震动。以后即使扩大试点，也应该按照行业，而不是地区稳步推进。因为我国地域辽阔，各地情况不尽相同，按照地区试点，无论税负高低，都会引发地区间的不平衡。特别是像物流业这样全国性网络化经营的行业，更不宜因试点政策的不同，造成新的地区分割。
以上是我们经过深入调研，就此次营业税改征增值税试点工作中，物流业遇到的问题提出的政策建议，提交相关政府部门决策参考，希望予以重视并妥善解决。中国物流与采购联合会作为行业社团组织，将继续反映行业情况和企业诉求，积极协助政府有关部门做好工作，确保“营改增”试点取得实效，达到预期目的。
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