医药市场历来被公认为是“高利润、高回报”的产业，但在我国医药行业并非如此。虽然市场需求不断增加，但我国医药出口受到产能、国际市场环境、贸易保护等各种因素的叠加影响，医药出口利润增长渐显乏力。这在原料药行业表现的更为明显。
以出口规模较大的华北制药、东北制药、鲁抗医药等20家医药上市公司为例，大宗原料药毛利率已从2012年的6%下降至目前的4%，特色原料药平均毛利率也从2012年的31%下降至目前的26%。
由于国内市场销售毛利率大幅高于国际市场，尤其是大宗原料药国内毛利率能达到10%，导致大部分药企国际市场份额逐年下降，而国内市场比重不断提高。但与之形成鲜明对比的是，跨国药企销售利润率在15%——16%，有的甚至超过20%。应该说，我国医药产业运行效益不高的直接原因是产品结构、企业议价能力和同质化过度竞争等。
而且从目前的情况看，由于行业的转型升级是一个长期过程，故我国医药产品出口结构调整仍较为缓慢。
1、国外注册、认证比例较低
据统计，目前我国获得国际认证资格的原料药企业仅有15%，仅有103家制剂企业的143个品种获得国外GMP认证，数量不到3%。
其中西成药出口27.11亿美元，70%出口东南亚、非洲、南美市场等新兴医药市场，在欧美发达市场接受程度低。
2、新药研发落后于国际主流医药国家
分析国内医药研发情况可知，我国批准的新药数量较多，但质量不高，一类新药占比不到10%。
