在5月15日通过国家验收通过之后，横琴新区于6月28日上午举行了一个简短的仪式，正式启动了横琴新区二线通道封关运作。意味着“分线管理”的通关模式在横琴率先落地。
正式封关后，国家赋予横琴的所有政策就都可以实施了，企业也能直接享受到所有的优惠措施。从6月28日起，凡符合条件可享受横琴优惠政策的生产加工企业，可从封关运作之日起，向海关办理企业注册登记和相关手册备案手续。根据海关对横琴新区监管办法，除携带或承载岛内保税、免税、退税货物外，本岛居民、游客和车辆可以自由进出，正常活动不受影响，海关保留抽查权。
另外，6月20日，《珠海特区报》报道称，全国人大常委、华侨委副主任、致公党中央副主席杨邦杰于19日在横琴调研时透露，“中国（广东）自由贸易园区总体方案已征求完两轮国家相关部委意见，并修改完善，申报工作已取得阶段性成效，进入最后冲刺阶段。”
