近20多年来，中国区域经济发展的一个重大变化就是新的区域创新格局已基本形成。其主要表现在五个方面。
一是创新要素向少数发达地区集聚。在从计划经济向市场经济转轨过程中，以中心城市和三线建设为核心的计划式科技资源布局已经被打破。技术、人才、风险资本等创新要素在市场选择和政府干预的双重作用下实现了重新布局。其中，市场成为决定创新要素新布局的主要力量。我国市场经济体制下的创新要素新版图已基本形成。其发展变化与国家经济重心的变化方向一致，即从内陆向沿海发达地区转移。已经觉醒并日渐活跃的创新活动在区域间呈现出不平衡发展的特征。
二是多中心的区域创新格局正在形成。各地区凭借自己在科技资源、产业集群、商业环境和区位等方面优势，对创新要素的竞争更加激烈。北京、上海、深圳、广州、杭州、武汉等长期重视创新投入、创新环境更好的发达城市，吸引了人才、技术、知识密集型企业等要素的集聚。这些地区的创新活动也更加活跃。
三是区域创新向特色化方向发展。近5年来，创新型产业集群和领先企业向创新要素密集区迁移的趋势愈加明显。向少数地区聚集的不仅是知识密集度高的产业，还包括产业中的价值链中高端活动；不仅是在高端制造环节，还包括研发、设计、营销等高附加值服务环节。在创新集聚化的过程中，上海和广州正在成为时尚之都，吸引了服装和服饰设计等产业和机构进驻；深圳正成为信息通信、生物医药等新技术的研发和产业化基地。北京依据自身在信息、文化和人才等方面的优势，信息服务和创意文化产业等智力密集型产业得到了较快发展。
四是部分传统产业密集区出现技术锁定和路径依赖现象，产业转型和升级陷入困境。这些地区传统的低要素成本优势大幅下降，但基于创新的新优势没有培育形成。由此导致领先企业或价值链中高端环节大量向创新要素密集区迁移，中高端要素外流，缺少制造业支撑的生产性服务业更是难以发展。这一现象在一些沿海开放地区已经不同程度存在，并已波及到中西部地区。
五是区域创新环境优势成为吸引创新要素，激发创新活动的重要因素。深圳和杭州等具备“创新中心”雏形的地区，并非拥有先天的创新要素优势。其集聚创新要素和创新活动的能力来自长期以来改革创新所形成的区域制度相对优势。
国际经验表明，创新资源和创新活动在区域间的分布不仅是不平衡的，而且其不平等程度要高于其他经济活动。这种现象已经在我国出现，而且将继续分化下去。在创新分布不均的诸多因素中，创新环境的优劣占据重要地位。实践证明，在同一个国家制度框架下可以存在完全不同的区域创新体系。如，美国加州的硅谷和马萨诸塞州128公路，虽然都是著名高校和研究机构的聚集地，两者的创新体系却有本质不同。硅谷创新体系更开放、灵活、要素流动性高。结果导致了两者不同的创新模式和发展道路。但区域创新体系是可以变化的。20世纪90年代以来，马萨诸塞州创新体系开始从传统体系向更加开放的新经济(310358,基金吧)创新系统演变，从而促进了生物技术等新兴产业的生成和发展。从国际上看，硅谷式的创新体系已经成为各国和地区学习和发展的目标。
对仍处在转型阶段的我国来说，经济发展和创新规律是解释创新分布不平衡的部分原因。政府在创新资源配置和创新体系建设中的作为才是导致区域差异的根源所在。在释放创新活力，促进创新发展的制度建设上，中央政府承担首要责任。应通过深化改革，消除制约创新要素合理流动的体制和政策障碍，优化区域间创新资源配置，提高创新资源利用效率，促进创新和生产率提升。
另一方面，创新的制度建设并不终结于完善市场经济体制，也不终止于完善国家创新体系。一国内部差异化的区域创新体系为区域层面的制度和体系建设提供了巨大空间。在中央政府的授权和鼓励下，地方政府应积极探索，努力打造良好的创新环境。实际上，我国区域创新体系在一定时期内未必具有全球竞争力，但只要在国内形成相对优势，就会对创新要素产生强大吸引力。因此，地方政府通过改革形成制度的“级差地租”来收获改革红利，不仅可行，而且可以成为促进区域创新驱动发展的重要手段。
总之，在完善市场经济体制、建设国家创新体系、打造区域创新体系这三个层面的制度建设中，改革红利可以得到持续释放。无论对国家还是地方，实现发展方式转变的制度基础都会更加稳固和深入。
