应以“提高效能”为首要目标来推进大部制改革
大部制改革的目的是要将那些职能相近、业务范围趋同的事项相对集中，形成一个大部门，通过统一管理，使效能成倍增长，也即是所谓“做乘法”的改革。
大部制改革的议论中，最多的矛头都指向铁道部，甚至将铁道部称为“中国政府体制改革攻坚的最后堡垒”，但铁道部既不是“最后堡垒”，也不是立刻得改、非改不可的顽症，甚至还缺乏稳妥的撤并可行性。
“2008年大部制改革曾被认为是铁路改革的一个重要时机。但当时铁路处在大发展阶段，改革让位于铁路的发展。”如此言论，在不自觉中承认他们自己鼓吹的那套铁路“改革”方案，不仅不能促进、甚至会阻碍“铁路的发展”。改革的目的是为了国家的发展和人民的富裕、便捷，如果改革反而会阻碍发展，那究竟是“改革”还是“自毁”?这样的铁路“改革”方案，难道不值得警惕吗?
如果真要把铁道部大卸八块，铁道部没有什么抵抗力，也没有什么外部力量会救援。但是铁道部在中国的情况特殊，砍了铁道部，相应的职责和功能却像烫手山芋。铁道部作为国务院部委，有负担公共利益和提高公共福利的天然义务，但政企分开之后的企业可就没有这项义务了。既然企业化市场化了，那么连续18年没有涨价的事情自然不可持续，春运时亏本增开临时客运列车(每增开一列即亏数百万元，每次春运常需增开数千列)就更不可能继续。而向缺煤的发电厂紧急运输煤炭，以防出现大面积停电，不漫天要价简直是不可想象的。最后还是要中央财政出很多很多钱来补贴，以防全国人民怒不可遏。
至于铁路网管理的专业性不必再三强调，仅仅是中国运输密度比全世界任何发达国家都要繁忙三倍以上，这就注定了铁道部改革的棘手性。
铁道部目前负债率为60%，不仅低于中国大型企业平均负债率，也大大低于国际同行，实在称不上“负债累累”。中国铁路客运自1996年起已经连续18年没有涨价，相对物价涨幅，火车票价实际上降为不足原先的十分之一。若这些对民众的隐形补贴改由财政部全额买单，铁道部的负债立刻就能全部还清。所以说，对铁道部负债高的指责是站不住脚的，铁道部没有需要立刻就大改特改的理由。
从国际经验看，英国、法国、德国的铁路进行了分拆和私营化之后，负债率全都进一步上升，对国家补助的索取增加了，服务质量和安全性反而下降了。向着这种没有解决问题而是恶化问题的方向去改，实在不是正确的改革方向。
如英国，在将铁路分拆成120家私营企业后，连续出现七次重大事故，不得不将路网维护部分的数十家企业重新国有化，合并入NetworkRail公司。但依然私营的铁路营运带给英国人的服务质量越来越差，而铁路票价依然顽固的不断上涨，最近的2013年初又因为票价再次上涨而引发又一次游行抗议。铁路公司向国家索取的营运补贴，还逐年增多了。
又如德国铁路，在进行了分拆后实现了私营化，以德国人之严谨，也连续三年发生重大事故：1998年6月的埃舍德事故;1999年2月的伊门施塔德事故;2000年2月的布吕尔事故。其中埃舍德高铁事故中，致使多达101人死亡、88人受伤。
何况铁道部除了本身有数万亿国有资产这一肥肉之外，其本身的部门利益纠葛并不多。改革需要攻坚的堡垒，最急需的是“大文化部”改革，最困难的是“大能源部”改革，称铁道部为“最后堡垒”，实在言过其词。
交通运输部缺乏能力和准备，反而需要分拆
从统筹各种交通运输方式的规划和运行、建设综合交通运输体系这一世界发展趋势看，建立“大交通部”确实必要。但从眼下的中国实际出发，立刻将铁道部并入交通运输部是否恰当呢?
这一核心问题就是：现在就将铁道部并入交通运输部，交通运输部有那个能力管好、运行好铁路吗?
答案是否定的。交通运输部目前显然缺乏对铁路专业领域的经验，也缺乏统筹多种交通运输的综合统筹能力。上世纪90年代到新世纪初，因为交通部只能对水运施加垂直管理，而对公路发展插不上手，公路领域完全是各省交通厅自行其是，谁也不鸟交通部，以至于交通部常被嘲笑为“大水运部”。交通运输部成立后，又因为航空公司作为明星行业，势力大、话语权大，总能主导工作重心，以至于交通部又开始经常被讽刺为“大民航部”。交通运输部长期是被动应付行业央企们的争夺，缺乏真正的主动进行行业管理的经验，特别是对多种交通运输方式的综合性统筹。
而且中国不是什么有铁轨的都归铁道部管的，城市轨道交通，如城市地铁以及城市和城际轻轨，就不归铁道部管辖，而归交通运输部管辖。
城市轨道交通正是中国目前发展的热点之一，不但北上广深在增建更大更密的城市轨道交通网络，全国十几个城市也纷纷上马地铁和轻轨，许多城市还通过建设城际轻轨来实现同城化大都市圈。从国际趋势来看，为了降低PM2.5，控制汽车尾气，保护大气环境，大力发展轨道交通来代替私家车出行是一种潮流。并且根据国际经验，一百万以上人口的城市建设城市轨道交通都是有益的，一百四十万以上人口的城市，都应该开始建设轨道交通。那么中国已经有七八十座城市应该开始建设轨道交通，未来还将有上百座城市入围。
建设城市轨道交通，如何让其与城市公路系统(包括地面道路和高架道路、绕城高速等)协调发展、高效结合，实现的综合交通运输体系的效能最大化，这正是交通运输部应该管和可以管的领域。在这个本应该由交通运输部负起责任，发挥效能，进而积累起接收铁道部职能的经验的领域，交通运输部却反应冷淡。在这个领域，甚至连发改委都比交通运输部尽责的多一些。
全国各地的地铁和轻轨，采用了四五个国家的五六种标准，路轨、信号、车型的组合各不相同，完全是万国牌既难以推进国产化，也难以应付未来交通需求的规模。
交通运输部连几千公里的城市轨道交通都管不好也不乐意下功夫去管好，谁能相信它真的做好了准备去管几万公里铁路?这种情况下，就算把铁道部并入交通运输部，能实现全国范围内的综合交通运输体系统筹管理吗?
如果不能，立刻将铁道部并入交通运输部并不适当。不仅如此，反而还应该将其城市交通规划的职能拆分出来，在交通运输部下设立专门局，联合铁道部、住建部、国土部、发改委，作为专业的“都市圈内公路和轨道交通协调发展”的规划统筹机构。
