2012年6月30日,内蒙古自治区检察院与哈尔滨铁路对海拉尔铁路运输检察院移交接收协议签定。至此，根据中央有关工作部署，全国17个铁路运输检察分院、59个基层铁路运输检察院已经全部分别移交给所在省、自治区、直辖市人民检察院。
"这标志着铁路检察院管理体制改革攻坚取得了决定性胜利，具有里程碑的意义。"最高人民检察院铁路运输检察厅有关负责人表示。
2004年，中央21号文件明确，要改革有关部门、企业管理公检法的体制，将铁路公检法纳入国家司法管理体制。经过多方充分协调论证，2009年7月，中央有关部门下发铁路公检法管理体制改革的通知，提出了铁路检察院人财物管理与铁路部门、企业全部分离，一次性纳入国家司法管理体系，移交给驻在地省（自治区、直辖市）党委和省级检察院，实行属地管理的总原则。2010年12月8日，最高法、最高检、中央编办、财政部、人力资源部、铁道部联合印发《关于铁路法院检察院管理体制改革若干问题的意见》，对铁路检察院管理体制改革后的干部管理、法律职务任免、业务管辖、资产移交、经费保障等作出了具体规定。
2010年底至2011年初，最高检对铁检管理体制改革工作作出总体部署：铁路检察院移交后，两级铁路检察院均作为省级院派出机构，由所在省级有关机构直接管理。省级检察院领导设置在本省（区、市）区域内的铁检分院或基层铁检院的人财物等管理工作，铁检分院领导设置在本省（区、市）区域内的基层铁检院，同时领导属于本铁路局域范围但设置在外省（区、市）区域内的基层铁检院业务工作。铁路检察院业务管辖范围、办案体制机制和司法程序等在新的法律、规定实施前暂时保持不变。移交省级检察院管理后，铁检机关是国家依法设置的专门检察院，行使对铁路交通领域的专门法律监督职责。
2012年1月12日，太原铁路检察机关移交协议签字；紧随其后，西安铁路运输检察机关移交属地管理，铁检移交至此收获重大成果--酝酿多年时间的铁路司法改制工程有了一个标志性的开始。此后从今年1月到6月，每个月都有相关省委领导同志亲自主持并发表讲话的铁检移交签字仪式举行。
铁检管理体制改革和移交涉及29个省、自治区、直辖市，76个铁路检察院（17个铁路检察分院和59个基层检察院）、3700多名检察干警；涉及"两房"建设、装备设施和经费保障；涉及机构编制、人员过渡、业务管辖诸多方面。为此，最高检及时发文，派出工作组督导，同时加强与铁道部协调。最高检主管铁检工作的姜建初副检察长高度关注移交工作进展情况，亲自赴有关省区市，督促解决移交接收工作中遇到的重点、难点问题。各省级检察院加强了组织领导和方方面面的沟通协调，确保了这项工作积极、稳妥、有序地向前推进。
