3月31日，春秋航空发布2016年年报显示，2016年春秋航空营业收入达到84.29亿元，同比增长4.15%；净利润9.51亿元，同比下滑28.42%。
同时，董事长王正华先生于3月29日向公司董事会提交了关于辞去公司董事长职务的辞职报告，当日召开的第三届董事会第二次会议同意由王正华长子、原春秋航空总裁王煜接任。
分季度看，公司净利润分别为3.67亿元、3.73亿元、4.30亿元和-2.19亿元。公司前三季度净利润11.7亿元，同比仅下降2.7%，但四季度亏损严重，主要由于油价快速上涨和汇率贬值利空影响。
2016年四季度，布伦特油价均价同比上涨14.4%，人民币兑美元中间价贬值3.9%，汇兑损失增多，使得公司成本端压力巨大，拖累了全年业绩。
2016年，春秋航空完成运输总周转量22.42亿吨公里，同比增长10.7%；运输旅客1423万人，同比增长9.6%；客座率为91.69%。
作为国内主要的低成本航空公司，春秋航空的机队统一采用空客A320机型，每架均配备CFM56-5B发动机，这是低成本航空公司用于降低运营成本的通常做法。截至2016年末，春秋航空执飞航线共164条，其中国内航线94条，国际航线64条，港澳台地区航线6条。
2016年春秋航空引进新飞机14架，至2016年末机队规模达到66架，全部为空客A320飞机，其中50架为180个座位，剩余16架为186个座位，平均机龄3.6年。
2016年，春秋航空运力引进受限，国际航线日益过剩的行业供给以及竞争加剧使得行业票价持续下降，且基地机场时刻释放有限，收益率较高的三条航线——中日航线、中泰航线和中韩航线的票价和客座率同比下降，导致收益率下滑。
以中日航线为例，由于2015年二三季度期间中日航线需求爆发，春秋作为较早布局日本航线的行业先行者，于该时期获得较高收益。而从2015年四季度以来，中日航线较高的收益率和较低的准入门槛，加之不断下行的油价和各地政府的一次性补贴使得全行业中日运力供应大幅上升，导致中日航线客座率和收益水平大幅下降，于2016年二季度达到最低点。此后随着油价回升以及政府一次性补贴到期，行业运力逐步出清，客座率和收益水平逐渐回升，但距离回归至较高的利润水平仍需时日调整，截至2016年末，日本线票价水平仍同比下降。
中日航线收益率下降后，春秋将新增运力重点投放于中泰航线，弥补了中日线收益率下降的影响，但2016年9月中旬泰国政府出台的限制零负团费旅游团入境以及泰王去世后的禁娱期都对赴泰旅游产生了重大影响，尤其在短期内团队游客数量大幅下降，票价、客座率水平和航班数量均出现了一定程度的下滑，12月开始出现环比回升，但票价及客座率水平仍同比下降。
中韩航线一直以来是公司收益率最高的航线之一，但韩国政府决策部署萨德反导弹系统后，中韩旅游热潮也逐步消退，尤其是团队游客受到影响较大，从2016年10月开始，中韩航线票价和客座率水平均出现下滑。
另一条高收益航线台湾航线也由于两岸关系的变化使得收益水平下降。
对此，年报称，“未来将在中泰航线和中日航线谨慎投放新增运力，而对于中韩航线在近期将收缩部分运力，后续视各市场复苏程度及缓和情况持续动态地调整运力投放。此外，春秋航空还将进一步拓展东北亚和东南亚等周边地区航线，如越南胡志明市等。”
