2016年冬春季，南航加大国际航线投入力度，加密国内航线，构建强大的国内国外航线网，方便深圳旅客出游出行。
目前，南航深圳分公司目前有44架飞机，其中6架A330宽体机，用于执行国际长航线，9月21日开通深圳-雅加达航线后，南航深圳国际（及地区）航线达到11条，航线网络布局更趋合理。
在国际航线方面，加大了航班密度，如深圳-胡志明航线，航班号为CZ8465/6，由原周247补齐为每周一班，深圳-普吉岛CZ6093/4，每周新增2班，新的飞行周期为12346。深圳-大阪，CZ8425/6，每周新增1班，新周期为12346。
在国内方面，深圳飞北京航线新增CZ3157/8，深圳起飞时间为16：30，，至此，南航从深圳始发往返北京的航线达到每日10班。深圳飞上海新增两个航班分别是CZ3965/6，深圳起飞时间0800，以及CZ3551/2，深圳起飞时间12：00。换季全南航深圳-上海航班总量每日11班，其中虹桥9班，浦东2班。深圳西安新增CZ6237/8，深圳起飞时间0805，新增CZ6593/4，深圳起飞时间1625，换季后全南航深圳-西安航班总量每日6班。深圳沈阳新增CZ6385/6，深圳起飞时间1015，换季后全南航深圳-沈阳航班总量每日4班两班直飞两班经停。
此外冬春季，南航新增开深圳-盐城-深圳航班，航班号为CZ8635/6，周期为2467起飞，开航时间暂定为为11月8日。
在价格方面，新航季南航在国际航线上给予了市民幅度很大的降价优惠。其中深圳直飞雅加达航线，往返价格只需要890元（不含税）。深圳-巴厘岛航线，提前21天购票散客最低至1650（不含税）；深圳-胡志明，散客最低运价900（不含税），随订随售；10月21日起，深圳-台北，散客最低价950元起（不含税），随订随售；深圳-悉尼航线提前14天购票，散客最低价2100元起（不含税）；深圳-迪拜，散客最低运价2000（不含税）随订随售；深圳-大阪航线提前14天购票，散客最低运价600（不含税）；深圳-首尔，散客最低运价1000（不含税），随订随售；深圳-济州航线，散客最低运价1000（不含税）随订随售，深圳-曼谷，散客最低运价1080（含燃油）；深圳-普吉岛，散客最低运价提前30天促销1030（含燃油），市民可以根据自己的出行时间，提前预定机票，享受南航优惠。
