同样面临上海港的强大压力，2016年2月，过去十年共用一个锚地与航道的宁波港和舟山港，终于实现整合。
根据整合预案，本次重组为宁波港股份向控股股东宁波舟山港集团发行股份，购买其持有的舟港股份85%的股份。本次重组前，宁波港已经持有舟港股份5.90%的股份。重组完成后，宁波港将持有舟港股份90.90%的股份。
浙江省海港集团董事长毛剑宏2月17日介绍称，本次重组标的资产交易作价30.1亿元，对应舟港股份15年20倍PE。据披露，宁波港向宁波舟山港集团发行不超过3.7亿股完成支付，发行价格为8.16元/股。交易完成后，宁波舟山港集团在公司的持股比例将由75.46%增加至76.15%。
宁波舟山港集团为原宁波港集团和舟山港集团整合而成，于2015年9月29日挂牌，基本实现以资产为纽带的两港实质性一体化。宁波舟山港是中国大陆重要的集装箱远洋干线港之一，同时是大陆铁矿、原油、液化品中转储存基地和华东地区主要的煤炭中转储存基地。
2015年，浙江省沿海港口吞吐11亿吨和2257万标箱。其中，宁波舟山港完成货物吞吐量8.9亿吨，位居全球第1；完成集装箱吞吐量2062.7万标箱，首次超过香港港位居全球第4，同比增长6.1%。
长期以来，宁波舟山两大港口一直共用一个航道、一个锚地，在货源、航线方面都存在激烈竞争。对于舟山港而言，长期在上海和宁波两大强劲对手的制约下生存，在集装箱运输市场等方面被限制了发展空间，与宁波港合并将有效规避竞争。另一方面，通过合并舟山港，宁波港可以迅速提高规模，成为上海、青岛等港口以外的国内超大港口。
在消除省内港口资源竞争后，浙江省政府方面将宁波舟山港的发展目标提升至建设世界上最大的现代化港口。“构建以宁波舟山港海域、海岛及其依托城市为核心区的‘一核两翼三圈九区多岛’的海洋经济总体发展格局，使浙江省成为全国重要的大宗商品储运、加工和贸易中心”。
宁波舟山港集团董事长宋越舜表示，宁波舟山港位于“21世纪海上丝绸之路”上，未来将推进更多的港港、港航合作，同时拓展沿海水中转业务及内支线在内的其他箱源，完善内贸中转网络体系。
宁波港方面则表示，本次重组将加快宁波舟山港实质性一体化，实现两港优势互补，借助宁波港的资金优势、管理优势和国际影响力，挖掘舟山港的资源优势和发展潜力，放大“1+1>2”的整合效应。
腾讯财经获悉，合并完成后，两港将在资产、人员、品牌、管理等各个要素上进行深度整合，加快推进港口综合规划、基础设施建设、重点港区开发、海事航运服务、口岸监管等五个一体化。
