自2013年开始的大规模清理和规范水上涉企收费，使目前涉及交通运输部职责的中央行政事业性收费仅保留4项。
2013年以来，交通运输部开始大规模清理和规范水上涉企收费。一方面为加快转变政府职能，减少行政审批事项，提升部门服务水平，向市场放权、为企业松绑；另一方面也为调整安全监管模式，优化管理流程，优化服务，优化市场环境，减轻航运企业负担，帮助航运企业走出市场低迷困境。
清理规范水上涉企收费
2013年8月29日，交通运输部召开专题新闻发布会，通报清理规范水上涉企收费工作情况。据介绍，此次专项清理规范工作涉及的收费项目主要有三大类。
一是行政事业性收费，由航运、港口、航道行政管理部门和海事部门征收。在此次清理规范工作中，共取消和免征7类行政事业性收费中的10个具体项目，即船舶证明签证费、油污水化验费、海事调解费、浮油回收费、海岸电台无线电电报电话费（含船舶电信业务岸台费）、船舶申请安全检查复查费、船舶进出沿海港口护航费用、船舶进出长江护航费用、LNG船舶进出港口护航费用等。
二是监管服务性收费，指航运企业、营运船舶为了满足水上安全监管和防污染国际公约、法律法规要求，向非政府第三方购买服务而支付的费用。此次专项清理规范工作中共取消或暂停收取4项监管服务性收费，即免除货物托运人或代理人承担的集装箱开箱查验过程中的取样送检费用，取消船舶供受油作业布设围油栏规定，暂停执行国际航行船舶驶离中国港口前船上污染物清理规定，暂停执行内贸运输煤炭物理性质检测的规定。
三是经营服务性收费，主要是指港口企业根据《中华人民共和国港口收费规则》向航运企业、营运船舶及货物收取的费用。在此次专项清理规范工作中，一是出台《推进阳光引航提升服务水平工作方案》，规范引航收费，提高港口引航服务水平；二是规范船舶交易服务机构收费，将船舶交易服务费与船舶交易价格脱钩，改为按次定额收费，同时对航运企业所属全资或控股子公司之间因船舶资产划拨涉及所有权变更的船舶，以及对企业兼并重组涉及所有权变更的船舶，免于进场交易；三是加强船舶代理市场监管，加大监督检查力度，杜绝内贸船舶强制代理问题；四是研究调整港口经营性收费问题，与国家发改委共同启动港口收费调研工作，积极理顺港口费收关系。
压减行政事业性收费
交通运输部在会同国家发改委、财政部开展调研的基础上，研究提出取消有关水上涉企行政事业性收费的建议措施。8月17日，财政部会同国家发改委印发通知，决定自10月1日起，取消船舶港务费、特种船舶和水上水下工程护航费、船舶临时登记费、船舶烟囱标志或公司旗注册费、船舶更名或船籍港变更费、船舶国籍证书费、废钢船登记费等7项中央级设立的行政事业性收费。
据测算，取消船舶港务费，每年将减轻企业负担54亿元；取消特种船舶和水上水下工程护航费，每年减负4800万元；规范简化合并船舶登记费，取消船舶登记费中的临时登记费、烟囱标志或公司旗注册费、船籍港变更费、国籍证书费和废钢船登记费等5项，每年减负300万元。
目前，涉及交通运输部职责的中央行政事业性收费仅保留4项。这4项中，长江干线引航费、船舶及船用产品设施检验费、船舶登记费等3项是体现国家主权、按照国际惯例和对等原则收取的行政事业性收费；考试考务费是向特定服务对象收取的费用。
