从2013年6月18日开始，深圳西部港区将集装箱跨港区调拨作业时间从此前的12小时延长至24小时，此举标志着该港区的集装箱跨港区调拨实现了全天候、全港区的一体化运作。深圳西部港区一体化运作的全面实现，将进一步提升该港区的通关效能，为实现港区各码头的泊位共享、航线共享提供了十分有利条件。
据悉，深圳西部港区一体化运作全面实现后，该港区内的赤湾集装箱码头（CCT）、蛇口集装箱码头（SCT）、妈湾集装箱码头（MCT）、海星港口和招商港务等5个码头和前海湾保税港区的进出口集装箱货物，通过卡口和调拨途中监管设备以及闭路电视监控等信息系统，在海关“电子围网”监控下可开展跨港区调拨业务，港区各个作业区集装箱货物可以根据航线泊位需求24小时进行“自由”流转。
为推进该港区的一体化运作，提升港区通关效能，蛇口海关还进一步简化了该港区集装箱调拨业务的审批手续，全面推行电子自动审批模式，将原来审批手续需要半个工作日的时间缩短到仅需要1至2分钟。
