为了港口全面、协调、可持续发展，主管部门和港口要从几方面着手。
科学预测港口吞吐量峰值的大小和出现的时间
经济发展与港口吞吐量之间存在密切关系。如日本在上世纪50至80年代中期，经济发展处于重化工发展的高速期，也是港口快速发展期，港口吞吐量从5亿吨左右迅速上升到30多亿吨。在重化工业布局完成后，即从上世纪80年代到21世纪初，日本经济虽然仍在发展，但港口吞吐量一直徘徊在30亿吨。欧洲的几个大港如鹿特丹港、安特卫普港、马赛港等，20世纪80年代总吞吐量都达到最高峰。马赛港目前只维持在9000万吨左右。鹿特丹、安特卫普港20多年来也保持在上个世纪80年代初的水平。在后工业化阶段，港口总吞吐量虽然增长缓慢，但港口货物结构中大宗散货趋于稳定或下降状态，而集装箱吞吐量增长迅速。
据预测，我国沿海重化工业建设布局将基本在今后50至100年内完成，港口吞吐量仍将持续快速增长。但当我国重化工业发展阶段大致完成而港口吞吐量达到峰值后，港口吞吐量的增长速度将放缓、停滞甚至下降。所以，在预测港口吞吐量时，应根据经济发展需求预测港口吞吐量峰值的大小和出现的时间等因素。
港口功能定位要符合其区域地位
一些地方在预测及规划港口货运量时，往往不对周边港口的竞争态势进行分析，特别是在一些港口比较密集、腹地重叠交叉的地方，各港口都把地区及腹地的货源纳入本港口而进行需求预测。实际上，在一个地区每个港口除拥有直接经济腹地外，拥有的共同腹地货源是各港口争夺的主要对象。即使是本港口直接经济腹地的货源，特别是外贸货物，由于与周边港口在航线、航班、服务质量方面存在竞争，也可能失去一部分。
所以，站在经济区域的角度对货运需求量进行科学预测，同时规划本区域内港口能力时，对国内外周边港口进行分析，区域内港口则根据本港口在区域内的地位为本港定位，这样才可以发挥区域港口群体及区域内各港口的优势，否则，易造成临近港口建设项目的雷同。
“一城一港”并非“一城”须有“一港”
随着我国城市化进程的加快，城市数量不断增加。因此，对过去“一城一港”的发展政策需要按照与时俱进的新形势具体分析—特别是新建的一城未必要有一个港口。近些年，我国许多沿海、沿江城市已经一分为二，如果港口同时服务于两个城市，港口能力不足可以扩建，但如果片面强调“一城一港”制，无港城市一定要弃原港口不用而另建一个港口，势必造成资源的浪费。
强化全国港口规划的法律地位
必须强化全国港口规划的法律地位。这首先需要对我国《港口法》中的“规划部分”在审批、执行等方面制定更加严格的、便于操作的实施细则。国务院已通过《全国沿海港口布局规划》，中央政府要通过宏观调控，严格执行全国港口布局规划，禁止规划外的重复建设项目，并协调好相邻省市间的关系；地方政府主要负责筹划省内港口资源整合和合理利用港口资源等事宜。其次，在国家港口布局规划的基础上，还需加强区域港口群体的规划，既要保持港口间适当的竞争，又要针对腹地货源总量、货类构成等合理分工，做到资源优势互补。
我国北方的青岛港、大连港、天津港、秦皇岛港、营口港、日照港等都有铁矿石进口码头，有的还准备新增项目。但各港口基本上都是在分别规划，这很可能造成项目的雷同和重复。如综合分析各种因素，合理配置海上和陆地运输线路，将十分有利于合理利用港口资源，降低进口铁矿石的成本。
相邻港口打组合牌
相邻两港口可建立组合港或联合成立港务局。浙江宁波-舟山港开了好头，福建的厦门和漳州联合组建大厦门港，其他的如台州港和温州港、深圳港和香港港等也可以采用此模式。
紧邻港口具有联合开发利用港口资源的潜在优势，两港联合共同管理有利于港口资源特别是深水岸线资源的合理利用与优势互补。而对于集装箱港口而言，更有利于吸引集装箱班轮的停靠，增加航次、航班，提高港口中转地位。若紧邻港口始终过度恶性竞争，如压价、重复建设等，则势必影响港口的最终发展前景。
实行枢纽港—支线港合作
实行枢纽港-支线港合作模式，这种模式主要就集装箱港而言。
由于集装箱枢纽港的形成具备一定条件，尤其是在一个有多个港口存在的集装箱大运输系统中，只有在具备一定条件并在市场机制的作用下，一些港口的优势才逐渐显现而形成枢纽港，另一些港口成为支线港或喂给港（当然，枢纽港的地位有可能被后起之秀取代）。
目前东北亚地区釜山港取代了日本港口的枢纽港地位，就是由于釜山港的国际中转地理位置更优于日本港口，加上韩国政府的积极扶持与釜山港的努力而导致的结果。我国北方的青岛港、天津港和大连港，应与区域内其他中小港口合作，集中我国货源优势，则可极大地提高效率。
统筹发展集装箱运输
我国沿海近50个主要港口中大都有集装箱运输业务。这些港口连同长江口、珠江口的河港，形成了联系国内外的庞大集装箱航线网络。
如果我们将港口群体和远、近洋航线作为一个大系统或若干区域性子系统，把港口按照远洋枢纽港、近洋枢纽港、支线港、喂给港给予合理定位，并将各种航线按照货运量以及货流方向等合理优化，使港口地位、航线航班以及班轮停靠点、航班间隔时间等更趋于合理化，将更有助于提高集装箱运输系统的整体效率。这需要政府与市场共同完成，其中，中央政府的宏观调控非常关键。
