波罗的海历史上就是俄罗斯与欧洲贸易的重要通道。从彼得大帝时期起，圣彼得堡成为俄通往欧洲的海上门户。2005年以前，这一地区的进出口货物运量总量占全俄进出口货物总量的40%。大圣彼得堡港是俄西北地区最大的海港，货物吞吐量占全俄第二，仅次于黑海的新罗西斯克港。从亚洲太平洋和东南亚到西北欧最捷近的路线是通过欧亚大陆桥和芬兰湾。俄罗斯与伊朗、印度等国合作酝酿连接印度洋和西欧的“南北走廊”规划也是以波罗的海为北部终点。
苏联时期在波罗的海建设了发达的港口体系和运输船队。除列宁格勒外，在波罗的海三国投巨资建设了一批专业港。例如，石油港主要在拉脱维亚文茨皮尔斯和立陶宛克来佩达；粮食港主要在爱沙尼亚的塔林。苏联解体后，主要港口基本划归波罗的海三国。特别是粮食、散装和液体化工产品、集装箱等许多专业港都脱离出去。但是传统的运输格局并未发生大的变化。
2001年通过这一地区的海运出口货物运输量占全俄罗斯的48%（1.106亿吨）。由于流域内俄罗斯港口吞吐能力不足，这其中的44%（4880万吨）是在波罗的海三国和芬兰港口装船的。而且基本都是俄罗斯传统出口产品，如石油、成品油、化肥、石化和冶金制品及其它大宗货物。
为改变这种对波海三国港口的依赖局面，满足扩大进出口和过境货物规模的需要，1992俄罗斯政府曾制定了复兴港口和船队的规划。但是由于资金缺乏，未能如期完成规划。政府被迫延长规划实施期限。2000年，根据新任总统普京提出的交通超前一步发展的要求，俄政府和地方当局对原有港口发展长期规划进行了修订和补充。
作为发展全俄交通体系规划的一部分，将发展波罗的海地区俄罗斯港口列为优先发展项目，将海港的发展与铁路公路发展统筹规划。重点满足原料出口和国际过境货物日益增加的需要。为此将建设新的港口，改造现有港口，更新港口设备。一方面增加财政投资，另一方面创造条件吸引私人资本。
波罗的海各港口货流结构以初级产品为主，特别是石油、木材、金属等。由于国际石油市场需求旺盛，俄罗斯各大石油公司增加了石油出口的比重和绝对值。俄罗斯西北区各港口是俄主要油田距离欧美市场最近的出口。控制着俄罗斯石油、钢铁、木材资源的金融工业集团不断加大对港口建设的投入。特别是石油巨头，在波罗的海地区配合国家控制的油气管道建设，积极参与修建新的原油出口港。由于有利可图，各方对港口控制权的争夺也十分激烈。
除初级产品外，最有发展潜力的是集装箱港。在俄罗斯运输业，集装箱使用比重很低。港口集装箱使用率不足25%，远低于欧洲70%的平均水平。集装箱从欧洲运来时是满的，运走时一半是空的。
彼得堡和列宁格勒州各海港注重发展集装箱专用码头。圣彼得堡完成了几个项目，集装箱港的改造和设备更新仍在进行中。乌斯季－卢加也在规划建设大型集装箱港。
波罗的海是连接俄罗斯本土与飞地加里宁格勒州最便捷的通道。目前已经开通了圣彼得堡至加里宁格勒的汽车轮渡。正在筹划建设乌斯季卢加－加里宁格勒－德国的汽车火车轮渡线路，把加里宁格勒州直接同俄罗斯本土从海上连接起来，不必再经过波罗的海国家。在波海三国加入欧盟后问题显得更加紧迫。这一设想得到德国的支持，答应提供技术资金支持。
在国际合作方面，俄方做出吸引外国资本参与港口建设的姿态，但缺少相关的优惠政策配套。加上金融工业集团资本的控制和争夺激烈，各港口股权关系复杂，暗箱操作严重，外国资本很难直接进入。目前只有几家有金融工业集团背景的离岛公司和与俄方长期合作并互有需求的西方专业公司部分得以参与港口建设。几年一届的圣彼得堡国际运输大会也在邀请各国企业和政府主管部门参加，但其主要目的是吸引更多的外国过境货物。
经过多年努力，俄罗斯波罗的海港口取得长足发展，特别是普利莫尔斯克港和圣彼得堡港。货物吞吐量与波罗的海三国港口形成此长彼消的关系。根据国际港口协会的统计，2004年全俄进出口货物总量4.2亿吨，俄罗斯自己港口处理了3.36亿吨，同比增长25%。而通过外国港口（乌克兰和波海三国）处理了0.84亿吨，同比下降3.4%。其中俄西北海域各港处理货物1.43亿吨，占全俄的约40%，同比增长了41.5%，货物吞吐总量首次超过波海三国港口。
发展与俄罗斯的经贸关系，不能不关注其包括港口在内的基础设施保障程度。特别是近年来，俄罗斯经济的快速发展，国际能源市场的激烈变化，都使人不得不将目光投向波罗的海。
