最早应用检疫是在1403年，当时的威尼斯共和国规定，凡从国外驶抵威尼斯港口的船只，必须强制在港外停泊40天，以便检查船上人员是否感染有威胁人们生命的黑死病、霍乱、鼠疫等传染性疾病。1929年，在意大利罗马产生了“国际植物保护公约(罗马)”(IPPC公约)，促进了国际间植物检疫工作的开展。

　　此后，世界各国先后建立了植物检疫制度。WTO的SPS协议将IPPC作为植物卫生标准，使得IPPC在SPS协议中具有十分重要的地位，为了更加有效地开展工作，联合国粮农组织(FAO)于1992年建立了IPPC秘书处。从20世纪90年代开始，IPPC秘书处和各国植保组织开始制定“植物检疫措施国际标准(ISPMs)”。

　　现已制定27个国际植物检疫措施标准。ISPMs是协调贸易伙伴之间的植物保护规则，贸易伙伴共同遵守ISPMs，并以其为依据来解决国际贸易中的植物卫生检疫争端。1991年我国正式颁布了《中华人民共和国进出境动植物检疫法》，1996年国务院发布了《中华人民共和国进出境动植物检疫法实施条例》。我国现行的《农业法》、《森林法》、《野生植物保护条例》等多部法律、法规中都有涉及对外来物种的管理的具体条文。