根据海关实施稽查针对的内容和产生的影响，海关稽查的目标可以分为直接目标和最终目标。

　　1．直接目标

　　即海关稽查直接作用于被稽查人(企业、单位)，通过对被稽查人的会计资料、报关单证及其他相关资料和进出口货物的稽核，监督被稽查人进出口活动的真实性、合法性。因而，所追求的目标是具体的、有形的、现实的。

　　2．最终目标

　　即通过有计划、分步骤的海关稽查，全面规范企业的进出口行为，提高进出口企业守法自律意识，防范或减少企业违法行为的发生，维护正常的进出口秩序。因而，所追求的目标是整体的、无形的、长远的。

　　3．实现海关稽查目标的主要手段

　　为了防范和查究在进出口货物的通关过程中和在保税货物、减免税货物的海关监管期间可能发生或者已经发生的各种走私违法情事，引导和规范从事进出口活动的企业守法经营，海关在进出口货物已实现脱离其控制后的规定期限内，以稽查的方式有针对性稽核与进出口活动有关的企业账册、文件单证等商业记录，并实地核查有关进出口货物的使用情况或实际去向，以此保证海关对企业进出口活动的合法性、真实性进行有效监管。